A história acompanha Leon e Chloe, que lutam para sobreviver em mundo dominado pelos B.R.A.I (Biological Revolutionary Accelerated Intelligence), criaturas avançadas que surgiram logo após o incidente Xianglong Crisis em 2031. Esse incidente foi causado por uma energia desconhecida vindo do Reator Quantum, um dispositivo de energia que foi feito para melhorar o ambiente de falta de recursos, porém ele explodiu, provocando o vazamento dessa energia. Como resultado, os B.R.A.I foram surgindo e destruindo tudo. Para lutar contra esses monstros, os humanos usam robôs de combate chamados M.O.E.V (Multi-Purpose Oragnic Evolution Vehicle). 重神機パンドーラ