A história é sobre a classe 3-E do Colégio Kunugigaoka, onde todas as manhãs, os alunos cumprimentam seu sensei com um pelotão de fuzilamento em massa. O sensei é uma combinação estranha de um alienígena e um polvo que se move a velocidades de Mach-20. Acontece que essa criatura foi a responsável pela destruição da lua, tornando-a sempre em forma de lua crescente. Ele anunciou que vai destruir a Terra em 1 ano. A criatura vai ensinar a classe 3-E como assassiná-lo antes do ano terminar. Mas como pode esta classe de desajustados matar um monstro tentacular, capaz de atingir velocidade de Mach 20, e ser o melhor professor que qualquer um 暗殺教室